Het Waddengebied heeft een bijzondere status. De Waddenzee is het grootste aaneengesloten natuurgebied in Nederland. De internationale Waddenzee is op Europees niveau een van de belangrijkste wetlands, met een functie op wereldschaal als het bijvoorbeeld om vogeltrekroutes gaat. Ook wat betreft de cultuurhistorie en de economie is de Waddenzee een waardevol gebied.
De bijzondere status van het Waddengebied is de laatste jaren versterkt, mede onder invloed van de doorwerking van Europese regelgeving zoals de Vogel- en de Habitatrichtlijn en de Kaderrichtlijn Water. Daarnaast is de Waddenzee in juni 2009 als Werelderfgoed aangewezen.

De Raad voor de Wadden is in 2003 ingesteld op basis van de Wet op de Raad voor de Wadden. De taak van de Raad is om regering en Staten-Generaal te adviseren over aangelegenheden die van algemeen belang zijn voor het Waddengebied. Dit is het gebied zoals omschreven in de pkb Derde Nota Waddenzee, evenals het aangrenzende gebied voor zover daar ontwikkelingen plaatsvinden die van directe betekenis zijn voor de Waddenzee. Daarnaast is de Raad bevoegd te adviseren aan de Waddenprovincies en -gemeenten. De Raad is de enige gebiedsgerichte adviesraad in Nederland en neemt vanwege dit specifieke karakter een bijzondere positie in het geheel van kennisinstellingen in. Gelet hierop en de taak van de Raad, alsmede de geheel eigen problematiek die in het Waddengebied speelt, is het moeilijk om de voorgenomen adviseringen onder te brengen bij (een van) de adviesthema's, zoals die recentelijk door de Ministerraad zijn vastgesteld. Het gaat daarbij om:
1) schaarste en transitie,  2) dynamiek en zekerheid in een open samenleving, 3) nieuwe technologieën, 4) openbaar bestuur van de toekomst: over legitimiteit en vertrouwen en 5) maatschappelijke achterstanden van de toekomst. Waar mogelijk is daarbij natuurlijk wel aansluiting gezocht.

Het werkprogramma van de Raad is tot stand gekomen na inventarisatie van adviesaanvragen bij en overleg hierover met de betrokken overheden. Op basis hiervan heeft de Raad op 25 juni 2009 het concept-
werkprogramma vastgesteld.
Uitgangspunt bij het opstellen van het conceptwerkprogramma is de afspraak met de Minister van VROM om ongeveer vier strategische adviezen per jaar uit te brengen. Daarnaast is er nog ruimte voor één of twee briefadviezen (korte of spoedadviezen). Over de precieze formulering van de adviesaanvragen zal nog overleg met de betrokken bestuurders plaatsvinden.

De eerste maanden van 2009 stonden vooral in het teken van het afronden van het advies over recreatie en toerisme (Identiteit als troef), en het daarbij behorende achtergrondrapport. Het advies is op 9 april 2009 aan de Tweede Kamer (de adviesvrager) aangeboden.

Andere adviezen die in de eerste helft van 2009 zijn uitgebracht, zijn:
1. Wadden en klimaat (2009/01) aan de Staatssecretaris van V&W.
In dit briefadvies reageert de Raad op de (mogelijke) gevolgen van het rapport van de Deltacommissie voor het Waddengebied;
2. advies over het Wadden Sea Plan (2009/02), dat op verzoek van de Minister van LNV is uitgebracht en gaat over een nieuwe invulling van het nieuwe Trilateraal Wadden Sea Plan;
3. Visie en focus Waddenfonds (2009/03), waarin een stramien is ontwikkeld om tot een meer doelgerichte inzet van het Waddenfonds te komen.

In het najaar zal een analyse en advies over de toepassing en interpretatie van de verschillende Europese richtlijnen in het trilaterale Waddengebied worden vastgesteld.

3.a Adviesonderwerpen voor 2010

De Raad voorziet in 2010 adviezen te zullen uitbrengen over:

Agenda Trilaterale Regeringsconferentie in 2010
Sinds 1978 wordt er door Denemarken, Duitsland en Nederland samengewerkt ten aanzien van het Waddenzeebeleid. In het kader van deze samenwerking komen de verantwoordelijke ministers van de drie landen eens in de drie à vier jaar bijeen om de voortgang te bespreken en nieuwe afspraken voor de komende periode te maken. De eerstvolgende trilaterale Regeringsconferentie vindt plaats in het voorjaar van 2010 in Duitsland. De Minister van LNV heeft aangekondigd de Raad om advies te zullen vragen over een heldere agenda voor deze bijeenkomst.

Outputsturing Waddenfonds
In vervolg op het advies Visie en focus Waddenfonds zal er in 2010 een advies worden voorbereid over de outputsturing van het Waddenfonds. Het gaat daarbij om de ontwikkeling van een systematiek van outputsturing, die ten grondslag moet liggen aan de toekenning van gelden uit het fonds en die te zijner tijd als basis kan worden gebruikt bij de verantwoording van de bestede gelden.

Eems-problematiek
De Eems is een van de laatste getijderivieren van West-Europa waar eb en vloed tot wel honderd kilometer stroomopwaarts merkbaar is. De ecologische situatie van de Eems is al jaren zorgwekkend. Het is tot op heden niet gelukt verbetering in deze situatie aan te brengen. Oorzaken hiervan zijn de voor Duitsland belangrijke grote economische activiteiten en het feit dat het om een betwist gebied gaat. Gezien de Nederlands-Duitse verantwoordelijkheid om de ecologische situatie van de Eems (als Natura 2000-gebied) te verbeteren dienen de mogelijkheden verkend te worden om een gezamenlijk herstelplan voor het gebied op te stellen. De Minister van LNV heeft aangekondigd de Raad hierover om advies te zullen vragen.

Energetische zelfvoorzienendheid eilanden
De eilanden hebben zich ten doel gesteld om in 2020 (voor het grootste deel) zelfvoorzienend te zijn op het gebied van duurzame energie en drinkwater (vastgelegd in het ambitiemanifest Waddeneilanden). De eilanden hebben aangegeven dat zij de Raad in 2010 zullen vragen om te adviseren over de wijze waarop het uiteindelijke doel (zowel beleidsmatig als projectmatig) binnen de gestelde termijn kan worden bereikt. De vraag welk streefbeeld voor 2020 wordt nagestreefd en welke kansen en knelpunten hierbij naar voren kunnen komen zijn de centrale vragen die in het advies beantwoord zullen worden.

Uitwerking realisatie Waddenzeedekkend beheer via de Beheerraad
Vanwege het grote belang van natuurbeheer voor de Waddenzee is in 2007 door de rijksoverheid en ander betrokken partijen de Beheerraad voor de Waddenzee ingesteld, waarin de terreinbeherende organisaties en de rijksbeheerders zoals Rijkswaterstaat en LNV zitting hebben. Taak van de Beheerraad is om de afstemming tussen en efficiency van het (natuur)beheer door alle beheerders te vergroten, zodat het gebied integraal als één gebied wordt beheerd. Thans ligt het doel vooral nog op de onderlinge afstemming van beheertaken. Gaandeweg zal de Beheerraad uiteindelijk tot een planmatig Waddenzeedekkend beheer moeten komen. De Minister van VROM heeft aangekondigd de Raad om advies te zullen vragen over de wijze waarop dit uiteindelijke doel kan worden bereikt.

Verder is het mogelijk dat de Raad in samenwerking met de Raad voor de Leefomgeving en Infrastructuur (RLI, thans in oprichting) gaat adviseren over de gevolgen van het advies van de Deltacommissie voor het IJsselmeer. Over het moment van advisering (2010 of later) en de wijze van samenwerking vindt nog overleg met de RLI plaats.

3.b Symposium recreatie en toerisme Waddengebied
Op verzoek van de Tweede Kamer heeft de Raad recentelijk een advies uitgebracht over de mogelijkheden van recreatie en toerisme in het Waddengebied. Van diverse kanten (met name organisaties en ondernemers) is instemmend op het advies gereageerd. Wel is daarbij diverse malen de vraag gesteld hoe een en ander ook praktisch gerealiseerd kan worden. Om die reden is het wenselijk om een symposium te houden over het onderwerp dat -bij voorkeur-  tevens als startbijeenkomst kan fungeren voor de verdere uitwerking van het advies.

3.c Mogelijke adviesonderwerpen voor 2011 en volgende jaren
Op de lange termijn voorziet de Raad te zullen adviseren over de volgende onderwerpen:
- Bescherming landschap en cultuurhistorie in het Waddengebied;
- De gevolgen van Geïntegreerd beheer van kustgebieden (GBKG) en het Europees maritiem beleid voor de Waddenzee.

Voor de uitvoering van zijn adviserende taak is het noodzakelijk dat de Raad de actuele ontwikkelingen op enkele gebieden nauwlettend volgt. Met het oog daarop vindt er regelmatig overleg plaats met betrokken bewindslieden en bestuurders en legt de Raad jaarlijks, of zo nodig vaker, werkbezoeken af in het Waddengebied om zich ter plaatse op de hoogte te stellen van ontwikkelingen. Ook onderhoudt de Raad contacten met maatschappelijke organisaties en zijn er internationale contacten, gericht op het (advies)werk van de Raad. Zo wordt er vanuit de Raad o.a. geparticipeerd in de activiteiten van de European Environmental and Sustainable Development Advisory Councils (EEAC), is de Raad als waarnemer betrokken bij de activiteiten van het Trilateral Wadden Sea Forum en worden er contacten onderhouden met vergelijkbare adviesraden in Duitsland en Denemarken. De adviezen van de adviesraden uit de drie landen worden geagendeerd en besproken tijdens het Trilateral Wadden Sea Forum dat twee keer per jaar plaatsvindt.

Tenslotte wordt jaarlijks, conform de Kaderwet Adviescolleges, een begroting, een werkprogramma en een jaarverslag opgesteld.

Het vroegtijdig voorbereiden van een werkprogramma kan met zich meebrengen dat zich nieuwe ontwikkelingen voordoen die bij nader inzien om een actuele advisering door de Raad vragen. Ook is een adviesraad soms afhankelijk van het moment waarop de overheid plannen en maatregelen uitvaardigt. Dit kan gevolgen hebben voor de op dit moment voorziene advisering door de Raad in 2010 en kan dus tot wijzigingen in het werkprogramma leiden.