Op grond van de Wet op de Raad voor de Wadden is de Raad voor de Wadden op 7 april 2003 geïnstalleerd. Daarnaast is de Kaderwet Adviescolleges van toepassing op de Raad. De Raad is het enige onafhankelijke adviesorgaan in Nederland dat gebiedsgericht adviseert. Organisatorisch is de Raad voor de Wadden ondergebracht bij het Ministerie van Infrastructuur en Milieu (IenM).

Raad voor de Wadden
De Raad voor de Wadden adviseert gevraagd en ongevraagd over zaken die van algemeen belang zijn voor het Waddengebied. Veel van die adviezen zijn bedoeld voor de regering en worden uitgebracht aan de Ministers en Staatssecretarissen van Infrastructuur en Milieu en Economische Zaken, Landbouw en Innovatie. Ook de Tweede Kamer is een belangrijke doelgroep voor de adviezen. Verder adviseert de Raad aan de Waddenprovincies en de gemeenten in het gebied.
De Minister van IenM stelt jaarlijks het werkprogramma van de Raad voor de Wadden vast. Daarnaast verschijnt elk jaar, voor 1 april, het jaarverslag van de werkzaamheden uit het voorafgaande kalenderjaar.

Nationaal Waddenzeebeleid
Het nationale beleid voor de Waddenzee is vastgelegd in de pkb Derde Nota Waddenzee, met de titel 'Ontwikkeling van de Wadden voor natuur en mens'. Deze nota beschrijft het rijksbeleid voor de komende 10 jaar. Centraal staan het behoud en de duurzame ontwikkeling van het Waddengebied. De Derde Nota Waddenzee vervangt de Nota Waddenzee uit 1993. De Minister van IenM is coördinerend minister voor het Nederlandse Waddenzeebeleid.

Trilateraal Waddenzeebeleid
Naast het nationale Waddenzeebeleid is ook internationaal Waddenzeebeleid ontwikkeld door de drie Waddenzeelanden: Duitsland, Denemarken en Nederland. Eens per vier jaar organiseren deze landen een gezamenlijke Regeringsconferentie. Tijdens deze conferenties evalueren de overheden het internationale Waddenzeebeleid en wordt gesproken over voorstellen voor aanvullend beleid, beheer en regelgeving. De laatste Trilaterale Ministersconferentie vond op 2 november 2005 plaats op Schiermonnikoog. De Minister van Landbouw, Natuurbeheer en Voedselkwaliteit is coördinerend voor het trilateraal Waddenzeebeleid. Het beleid is neergelegd in de Trilaterale Ministersverklaring en het Trilaterale Waddenzee Plan (beheerplan).

De Raad voor de Wadden is een onafhankelijke adviesraad, met een voorzitter en vier leden die deskundig zijn en ervaring hebben op één (of meerdere) van de vele beleidssectoren die in het Waddengebied van belang zijn.

De Raad vergadert tien keer per jaar. Tijdens deze bijeenkomsten bespreekt de Raad de adviezen. Adviezen worden doorgaans twee keer in een plenaire vergadering besproken alvorens ze worden vastgesteld.

Tijdens het adviesproces organiseert de Raad zo mogelijk ook bijeenkomsten met externen.
De Raad heeft regelmatig overleg met de betrokken Ministers en de Waddenprovincies en -gemeenten om over de ontwikkelingen in het gebied en de adviezen van de Raad te praten.
Ook brengt de Raad regelmatig werkbezoeken in het Waddengebied.
Verder participeert de Raad actief in het netwerk van de European Environmental and Sustainable Development Advisory Councils (EEAC). De Raad is lid van de Werkgroep Marine.